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L.F. Martins, L. P. Antunes, R.C. Pascon, J.C. Franco de Oliveira, L.A. Digiampietri, D. Barbosa, B.M. Peixoto, M.A. Vallim, C. Viana-Niero, E.H. Ostroski, G.P. Telles, Z. Dias, J.B. da Cruz, L. Juliano, S. Verjovski-Almeida, A.M. da Silva, J.C. Setubal. Metagenomic analysis of a tropical composting operation at the São Paulo Zoo Park reveals diversity of biomass degradation functions and organisms. PLoS ONE, 8(4):e61928, 2013.

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Apresentação de Trabalho

SOUZA, M. A. ; MIYAKE, H.; ”Alpha-cluster structure in even-even nuclei of 22 ≤ Z ≤ 42 region” ; 7th-INTERNATIONAL WORKSHOP ON  “CLUSTERING ASPECTS IN NUCLEI AND REACTIONS”; (INCT-FNA);  Mars 13 to  17, 2023  at Institute of Physics, University of São Paulo .

SOUZA, M. A. ; MIYAKE, H. “Search for the alpha-cluster structure in (58,60)Ni” In: XLIV Reuniao de Trabalho sobre Fisica Nuclear no Brasil, 2021, ON LINE. Sociedade Brasileira de Física – XLIV Reunião de Trabalho sobre Fisica Nuclear no Brasil. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 2021.

Iniciação Científica

Trabalho de iniciação científica da estudante Jacy Ellen Guimarães Silva

Dissertações de Mestrado

Estudo de primeiros princípios da adsorção de água e de etanol sobre ligas de superfície de metais de transição sob efeitos de deformação expansiva e compressiva.

Qualificação do Mestrado da estudante Thaícia Stona de Almeida

Qualificação FMUSP: Estudo Genético Quantitativo das propriedades básicas da pele

Em andamento – início 2015 Nome: Stella Granatto Justo; Título: Estudo da Formação de Estruturas Core-Shell de Metais de Transição; Instituição de origem: ˜ Instituto de Química de São Carlos, Universidade de São Paulo; Bolsa: CNPq.

Concluído – início 2013 Nome: Henrique Musseli Cesar; Título: Implementação do Método Parallel Tempering Monte Carlo para o Estudo de Propriedades Termodinâmicas de Nanoclusters; Instituição de origem: Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo; Bolsa: FAPESP.

Concluído – início 2013 Nome: Larissa Zibordi Besse; Título: Estudo da Adsorção de Hidroxila, agua e Etanol sobre Clusters de Metais de Transição com 13 Atomo; sInstituição de origem: Instituto de Química de São Carlos, Universidade de São Paulo; Bolsa: CAPES.

Alexandre Defelicibus, Koala: sistema para integração de métodos de predição e análise de estruturas de proteína, Mestrado, 2016

Daniel Rodrigo Ferraz Bonetti, Aumento da eficiência do cálculo da energia de van der Waals em algoritmos genéticos para predição de estruturas de proteínas, Mestrado, 2010

Rondina, Gustavo Garcia. Novas ideias para o Método de Basin-Hopping Monte Carlo aplicado à otimização global de Clusters e Nanopartículas [online]. São Carlos : Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo, 2013. Dissertação de Mestrado em Física Aplicada. Disponível em:

Teses de Doutorado

Souza, Roberto Molina, Modelagem estatística em estudos de bioequivalência sob o enfoque Bayesiano Estudos das propriedades estruturais, eletrônicas e ópticas de óxidos transparentes condutores (em progresso)
http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-30032015-135811/pt-br.php
Trabalho desenvolvido durante o estágio doutoral do estudante Osamu Waseda (INSA-Lyon)

Tese de Doutorado de Lucas Vieira Guerreiro Rodrigues Peres (IFSC-USP) doi: 10.11606/T.76.2014.tde-14102014-082328
Apoio projeto de doutorado de Gabriel Negrucci Dragone (bolsa CAPES)

Outros projetos da tese de doutorado estão sendo realizados no Blue Gene, entre eles, o projeto em parceria com o Fritz-Haber Institute da Sociedade Max Planck, Berlim, Alemanha, como parte da Bolsa de Estágio e Pesquisa no Exterior (BEPE) da FAPESP.

Em andamento – início 2015 Nome: Rafael Costa Amaral; Título: Estudo da Adsorção de Glicerol Sobre Superficies Intermetalicas de Platina com Defeitos; ´ Instituição de origem: Instituto de Química de Sao Carlos, Universidade de São Paulo; Bolsa: CNPq.

Em andamento – início 2015 Nome: Larissa Zibordi Besse; Título: Estudo da Adsorção de ˜ Agua, Etanol, e Derivados sobre Clusters de Metais de Transição Suportados sobre Oxidos Catalisadores; Instituic¸ ´ ao de origem: Instituto de Quimica de Sao Carlos, Universidade de São Paulo; Bolsa: CAPES.

Em andamento – início 2013 Nome: Fernando Pereira Sabino; Título: Estudo das Propriedades Estruturais, Eletronicas e Opticas de ´ Oxidos Transparentes Condutores (Al2O3 , Ga2O3 , In2O3 , e Multicompostos) Utilizando a Teoria do Funcional da Densidade; Instituição de origem: Instituto de Física de Sao Carlos, ˜ Universidade de Sao Paulo; Bolsa: CAPES; Orientador, Co-orientador: Luiz ˜ Nunes de Oliveira.

Em andamento – início 2013 Nome: Diego Guedes Sobrinho; Título: Estudo AbInitio dos Efeitos de Ligantes na Estrutura Atomica, Eletr ˆ onica, Estabilidade de ˆ Nanoclusters de Metais de Transic¸ao; Instituic¸ ˜ ao de origem: Instituto de Química de Sao Carlos, Universidade de Sao Paulo; Bolsa: FAPESP;

Em andamento – início 2013 Nome: Celso Ricardo Caldeira Rego Título: Estudo da Adsorção de Clusters Metálicos sobre Grafeno; Instituic¸ ´ ao de origem: ˜ Instituto de Física de Sao Carlos, Universidade de Sao Paulo; Bolsa: CAPES; Co-orientador, Orientador: Luiz Nunes de Oliveira.

Em andamento – início 2012 Nome: Rafael Luiz Heleno Freire; Título: Modelagem Molecular de Ligas Metalicas em S uperficies de Metais de Transição Instituição de origem: Instituto de Física de Sao Carlos, Universidade de São Paulo; Bolsa: CAPES.

Concluído – início 2011 Nome: Anderson Silva Chaves; Título: Estudo Teorico ´ das Propriedades Estruturais e Eletronicas de Clusters de Metais de Transição; Instituição de origem: Instituto de Física de Sao Carlos, Universidade de Sao Paulo; Bolsa: CNPq.

Daniel Rodrigo Ferraz Bonetti, Algoritmos de Estimação de Distribuição para Predição Ab Initio de Estruturas de Proteínas, Doutorado, 2015

Jean Paulo Martins, Análise da aprendizagem de ligações em otimização evolutiva, Doutorado, 2015

Antonio Helson Mineiro Soares, Algoritmos de estimação de distribuição baseados em árvores filogenéticas, Doutorado, 2014

Danilo Sipoli Sanches Algoritmos evolutivos multi-objetivo para reconfiguração de redes em sistemas de distribuição de energia elétrica, Doutorado, 2013

Márcio Kassouf, Crocomo Algoritmo de Otimização Bayesiano com Detecção de Comunidades, Doutorado, 2012

Christiane Regina Soares Brasil, Algoritmo evolutivo de muitos objetivos para predição ab initio de estrutura de proteínas, Doutorado, 2012

Franco-Soto, D.C. (2014). Modelos Birnbaum-Saunders para sobrevivência com dados longitudinais. Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo (coorientação com Antonio Carlos Pedroso de Lima)

Ricardo Oliveira dos Santos Soares, Processos preliminares da infecção viral: estudo estereoquímico da proteína E do Dengue, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto. Orientador. Prof. Dr. Antonio Caliri

Artigos em Congressos / Conferências

Pós-Doutorado

Em andamento – in´icio 2014 Nome: Yohanna Seminovski Perez; Título: Uma Investigação Utilizando a Teoria do Funcional da Densidade da Interação Entre ˜ Agua e Etanol com Clusters de Metais de Transição Depositados sobre Dupercies de CeO2 (111); Instituição de origem: Instituto de Química de Sao Carlos, ˜ Universidade de Sao Paulo; Bolsa: FAPESP (24 meses).

Concluído – início 2015 Nome: Anderson Silva Chaves; Título: Estudo das Propriedades Estruturais e Electronicas de Nanoclusters Metálicos; Instituição de origem: Instituto de Química de Sao Carlos, Universidade de São Paulo; Bolsa: CNPq (10 meses).

Christiane Regina Soares Brasil, Supervisão de Pós-doutorado, 2013

Anderson da Silva Soares, Supervisão de Pós-doutorado, 2014

Rodrigo Antonio Faccioli, Supervisão de Pós-doutorado, 2014

Pesquisa em andamento

Processamento de dados magnetoteluricos e gravimétricos da bacia do Paraná (Projeto Temático da FAPESP 12/06082-6)

Eventos

Evento Macromolecular Crystallography School em 2014 e 2016

E.G. Melo, D.O. Carvalho, M.N.P. Carreño, and M.I. Alayo, “Slow Light Mach-Zehnder Electro-optic Modulator Based on Oxide-cladding Aluminum Nitride Photonic Crystal”. Apresentado em: OSA Latin America Optics & Photonics Conference (LAOP) 2016, Medellin (2016).

E.G. Melo, M.N.P. Carreño, and M.I. Alayo, “High-Q and Small Mode Volume Oxide-Cladding AlN Photonic Crystal Nanocavity”. Aprovado para apresentação em: Frontiers in Optics/Laser Science (FiO 2016), Rochester, NY, (2016).

Trabalhos em andamento ou em publicação

NMR Spin Relaxation of Water Confined in Calicte Slite Pores: a Molecular Dynamcis Study Sub 10 nm carbon nanotube field effect transistor

O trabalho com título “Density Functional Investigation of Ligand (PH3, SH2) Effects on the Structure Stability of the Au55 and Pt55 Nanoclusters” foi submetido na Journal of Physical Chemistry C (impacto 4.5) da American Chemistry Society, estando em fase de análise. Todos os cálculos foram realizados no Blue Gene. Outros projetos da tese de doutorado estão sendo realizados no Blue Gene, entre eles, o projeto em parceria com o Fritz-Haber Institute da Sociedade Max Planck, Berlim, Alemanha, como parte da Bolsa de Estágio e Pesquisa no Exterior (BEPE) da FAPESP.

Silva e Cunha (2016). A tabu search heuristic for the uncapacitated single allocation p-hub maximal covering problem. Artigo submetido para o European Journal of Operational Research. Bonassa e Cunha (2016).

Attilio Cucchieri (Sao Paulo U., Sao Carlos), Tereza Mendes (Sao Paulo U., Sao Carlos). , “Bloch Waves i n Minimal Landau Gauge and the Infinite-Volume Limit of Lattice Gauge Theory” a ser enviado para publicação ao Phys.Rev. D

Attilio Cucchieri (Sao Paulo U., Sao Carlos), Tereza Mendes (Sao Paulo U., Sao Carlos), “Further Study of BRST-Symmetry Breaking on the Lattice”,. a ser enviado para publicação ao PoS

Basso, L. G. M., Fernandes, T. V. A., Lima, J. F., Crusca, E., Vicente, E. F., Cilli, E. M., Pascutti, P. G., Costa-Filho, A. J. Structural plasticity of the putative fusion peptides from SARS-CoV spike glycoprotein and their interactions with model membranes.

Trabalho com título “Density Functional Investigation of Ligand (PH3, SH2) Effects on the Structure Stability of the Au55 and Pt55 Nanoclusters” foi submetido na Journal of Physical Chemistry C (impacto 4.5) da American Chemistry Society, estando em fase de análise. Todos os cálculos foram realizados no Blue Gene.

Cucchieri, Attilio e Mendes , Tereza, “Crossing the Gribov horizon: an unconventional study of geometric properties of gauge-configuration space in Landau gauge” a ser publicado nos anais PoS LATTICE2013 (2013)

Cucchieri, Attilio; Dudal, David; Mendes , Tereza, e Vandersickel, Nele , “BRST-Symmetry Breaking and Bose-Ghost Propagator in Lattice Minimal Landau Gauge” a ser submetido ao Phys. Rev. Lett.

Cucchieri, Attilio e Mendes , Tereza,, Numerical Evaluation of the Bose-Ghost Propagator in Minimal Landau Gauge a ser a ser submetido para publicação no Phys. Rev. D

Diego G. Sobrinho, Maurício J. Piotrowski, and Juarez L. F. Da Silva, The effects of environment effects in the stability of Pt and Au nanoclusters, manuscript in preparation.

Diego G. Sobrinho, Ricardo K. Nomiyama, Anderson S. Chaves, Maurício J. Piotrowski, and Juarez L. F. Da Silva, The stability of Platinum-based nanoalloys: A DFT investigation, manuscript in preparation.

Nardin, L. G.; Rosset, L. M. & Sichman, J. S. Adamatti, D. F.; Dimuro, G. P. & Coelho, H. (Eds.) Scale and topology effects on agent-based simulation: A trust-based coalition formation case study Interdisciplinary applications of agent-based social simulation and modeling, IGI Global, In the press